Ha desarrollado su carrera profesional en el F. C. Barcelona, al que llegó en la temporada 1995-1996 para integrarse en sus categorías inferiores. Empezó jugando en la posición de extremo derecha, hecho que lo ayudó a mejorar su velocidad y capacidad de regate y centro. Posteriormente pasó a jugar de mediocampista.
Debutó en el primer equipo del F. C. Barcelona en la temporada 1999-2000, el 2 de octubre de 1999, en Valladolid, en el partido de la Liga española de fútbol que enfrentó al Real Valladolid y al FC Barcelona (0-2). El entrenador del Barcelona era Louis Van Gaal, que lo hizo jugar durante dos temporadas como lateral derecho. En esa posición enseguida se consolidó, destacando como un gran marcador que siempre se ocupaba de marcar a los mejores delanteros del conjunto rival. Su polivalencia le permitió ocupar diferentes posiciones, en función de las necesidades del equipo: jugó de lateral derecho, zurdo, central, mediocampista, extremo... Finalmente se consolidó como defensa central, posición en que se afianzó definitivamente.
Desde que debutó se convirtió en uno de los iconos de la afición barcelonista. En 2003 el entonces presidente barcelonista Joan Gaspart le firmó una ampliación de contrato con el conjunto catalán hasta el 30 de junio de 2007, que lo convirtió en uno de los jugadores mejor pagados de la plantilla, con una cláusula de rescisión de 180 millones de euros.
